মীরসরাই উপজেলার প্রধান নদী ফেনী নদী ও মুহুরী নদী। উপজেলার পশ্চিমে রয়েছে সন্দ্বীপ চ্যানেল এবং অভ্যন্তরে বয়ে চলেছে ইছাখালী, মহামায়া, ডোমখালি, হিঙ্গুলী ও মায়ানী খাল।